Že v preteklosti je bilo financiranje visokega šolstva problematično. Na to kažejo številke v obdobju 1995 – 2002, ko so se sredstva za terciarno izobraževanje povečala za 15 %, vpis pa za 81 %. V izračunu to pomeni, da je bil upad financiranja na posameznega študenta kar 36 %. Že večkrat je bilo izpostavljeno, da ima Slovenija tudi najslabše razmere v Evropi, kar se tiče števila študentov na predavatelja. Razmerje v Sloveniji je 18 študentov na profesorja, medtem ko je po svetovnih standardih razmerje manj kot deset študentov na profesorja. Vse to vpliva na kakovost javnega visokega šolstva, še posebej zmanjševanje financiranja študijskih programov, istočasno pa ni zagotovljenih sredstev za prenovo študijskih programov.

Osnova za financiranje je Uredba o javnem financiranju visokošolskih in drugih zavodov, članic univerz, od leta 2004 do leta 2008, ki določa višino sredstev za visoko šolstvo najmanj v realni višini rasti BDP, predlog proračuna za prihodnje leto pa v nasprotju s tem, predvideva realen padec teh sredstev. Sredstva za financiranje študijske dejavnosti so se tako v letu 2007 realno znižala za 1,7 %, po predlogu proračuna za leto 2008 pa naj bi se realno znižala še za najmanj 0,5 %, kar večini javnih univerz že povzroča resne probleme pri zagotavljanju kakovostnega študijskega procesa in še dodatno ovira uresničevanje bolonjske reforme. Kljub temu, da se obseg sredstev za dejavnost visokega šolstva povečuje vedno počasneje, predvsem na račun povečevanja investicijskih odhodkov, pa se hkrati vedno več teh sredstev namenja za novoustanovljene fakultete in visoke šole s koncesijo.

V ŠOS se zavedajo, da je kakovost študijskega procesa neločljivo povezana z zagotavljanjem zadostne višine proračunskih sredstev, h čemur je država zavezana v skladu z veljavno zakonodajo. Pojavlja se vprašanje, kako bodo lahko javne univerze zdržale pritisk zmanjševanja sredstev za študijsko dejavnost in hkrati uspešno uvajale nove bolonjske programe. Na tem mestu je izpostavljena odgovornost države za javno visoko šolstvo, ki mora biti dostopno in kakovostno. Kakovost in dostopnost javnega visokega šolstva pa se lahko zagotovi le na osnovi zadostnih finančnih sredstev, namenjenih programom in pedagoški dejavnosti visokošolskih zavodov. Tako mora biti financiranje naravnano v smeri spodbujanja kakovostnih študijskih programov in pravilne ter uspešne implementacije bolonjske reforme.